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Les lentilles d'eau peuvent parfois être à l'origine de problèmes dans les mares et les étangs. Elles peuvent couvrir la totalité de la surface et empêcher la photosynthèse, en bloquant la lumière. Cela peut parfois mettre en danger la population de poissons dans la mare. Il est possible de lutter contre les lentilles par plusieurs méthodes : biologique, mécanique et chimique.
La régulation biologique se fait avec l'introduction d'animaux consommateurs de lentilles d'eau. La carpe commune est un consommateur courant de lentilles et comme c'est une espèce indigène (elle a en fait été introduite il y a 2000 ans, depuis la chine), cela ne pose pas de problème. Il faut par contre éviter l'introduction d'espèces exotiques, comme les poissons rouges. Les résultats de la lutte biologique sont variables. Elle est efficace quand l'invasion de lentilles n'est pas encore déclarée. L'introduction de carpes dans un étang déjà recouvert ne sera pas d'un grand secours.
La régulation mécanique consiste en fait à retirer de la surface les lentilles quand elles apparaissent. Il est possible de retirer de la mare au printemps ou au début de l'été les lentilles avec une seine, filet flottant que l'on tire du bord de l'eau. On peut aussi faire cette opération avec une planche clouée au bout d'un manche, si l'étang est de petite taille, à la manière des paludiers de Guérande. Si l'étang est vidangeable par un drain qui prend l'eau à la surface, il est possible de faire s'écouler une partie de l'eau qui entraînera les lentilles avec elle. Les lentilles obtenues par cette méthode constituent un excellent amendement, et un apport de matière organique. Cette méthode est peu efficace si elle est utilisée seule, car les lentilles reviennent rapidement. Elle a comme avantage de supprimer des matières azotées du cycle de la mare.
Il existe dans le commerce des préparations chimiques afin d'éliminer les lentilles de la surface. Ce sont des herbicides qu'il ne faut absolument pas utiliser, ils sont toxiques et ne résolvent pas la cause du déséquilibre. En peu de temps, les lentilles reviendront.
La solution consiste à utiliser simultanément la lutte biologique et la lutte mécanique. Dans un milieu équilibré, les lentilles ne reviendront plus.